Ketika masuk sekolah, Kokuto Mikiya berkenalan dengan seorang gadis bernama Ryogi Shiki. Shiki tampak aneh dibanding anak-anak lain karena ia mengenakan kimono, sementara anak-anak lain berpakaian modern. Suatu ketika, Shiki mengajak Mikiya bertemu dan menjelaskan bahwa yang saat ini sedang bersamanya adalah "Shiki" yang lain (penulisan nama mereka berbeda huruf kanji-nya).
Setelah beberapa waktu, Shiki mengalami kecelakaan dan jatuh koma selama 2 tahun. Selama waktu itu pula Mikiya tetap terus menemaninya. Ketika akhirnya Shiki tersadar dari koma-nya, ia berusaha mencongkel matanya sendiri. Ia ketakutan karena melihat garis-garis merah di semua benda yang menggambarkan "kematian" dari benda yang bersangkutan.
Pihak rumah sakit kemudian memanggil seorang terapis untuk membantu Shiki yang bernama Aozaki Tohko. Tohko sebenarnya adalah seorang penyihir dan puppet master. Ia juga adalah atasan Mikiya yang bekerja paruh waktu kepadanya. Tohko kemudian menjelaskan bahwa mata Shiki adalah "Chokushi no Magan", mata yang mampu melihat garis kematian semua benda.
Shiki kemudian setuju untuk bekerja kepada Tohko bersama Mikiya menyelidiki kejadian-kejadian aneh di kota mereka dan "membunuh" penyebab kejadian-kejadian tersebut.