1995, Kokuto Mikiya berkenalan dengan Ryogi Shiki, teman sekolahnya yang "aneh". Disebut aneh karena Shiki selalu memakai kimono ke sekolah (sekolah mereka tidak ada seragam) dan terkesan menjauhi orang lain. Walaupun awalnya enggan, lama-lama Shiki mulai dekat juga dengan Mikiya.
Suatu hari, mereka janji untuk bertemu di kota. Saat inilah untuk pertama kalinya Mikiya sadar bahwa Shiki memiliki dua kepribadian yang sama-sama bernama "Shiki" (kanjinya beda). Shiki yang biasa muncul di sekolah adalah Shiki "wanita", sedangkan yang muncul di depan Mikiya saat ini adalah Shiki "pria". Shiki pria mengatakan pada Mikiya bahwa Shiki wanita membenci Mikiya, tapi tidak memberitahu sebabnya.
Februari 1996, Shiki mengalami kecelakaan dan koma selama 2 tahun lamanya. Saat ia terbangun dari tidur panjangnya di Juni 1998, hal pertama yang dilakukannya adalah mencoba mencongkel kedua matanya sendiri. Bukan tanpa alasan. Shiki melihat garis-garis merah di mana-mana, dan dia sadar bahwa garis-garis itu adalah "kematian". Bukan hal yang menyenangkan sama sekali untuk dilihat. Mengira ada masalah dengan kejiwaan Shiki, pihak rumah sakit mengundang seorang counselor bernama Aozaki Tohko.
Tohko adalah seorang kontraktor bangunan, dan juga atasan Mikiya. Tapi sosok sebenarnya adalah sorcerer yang sudah bosan dengan kehidupan di dunia sorcerer dan sekarang mencurahkan perhatian pada pembuatan boneka. Tohko tertarik pada Shiki, terutama mendengar cerita tentang kepribadian gandanya. Menurut Tohko, kasus Shiki bukanlah sembarang DID, tapi betul-betul memiliki 2 jiwa dalam satu tubuh. Tohko jugalah yang memberi tahu Shiki bahwa mata Shiki adalah Chokushi no Magan, mata yang bisa melihat garis-garis yang merupakan "kematian" benda, apapun itu. Tohko menawarkan pada Shiki untuk mengajarkan cara menggunakan mata itu. Shiki setuju, karena dengan begitu dia akan bisa membunuh. Begitu keluar dari rumah sakit, yang menanti Shiki adalah Mikiya dengan senyum yang tak berubah sejak 2 tahun lalu.