Alkisah, seorang alchemist menemukan cara membuka ‘gerbang’ yang menghubungkan dunia dengan dunia lain. Dunia lain yang disebut Rengoku itu membuka revolusi baru dalam penemuan dan kehidupan manusia. Namun, tentu saja, ada harga untuk itu. Kekuatan dari Rengoku adalah racun mematikan yang akan membunuh siapapun dalam hitungan detik, kecuali mereka yang memiliki kekebalan.  Para pengguna kekuatan Rengoku ini kemudian disebut sebagai Alchemist.

Terlahir sebagai ‘gerbang’ yang menghubungkan dunia dengan Rengoku , itulah nasib Artemisia putri pertama Kerajaan ‘Inggris’.  Sebagai gerbang, tubuh Artemisia senantiasa memproduksi ‘racun’, dari Rengoku.  Selama 6 tahun masa hidupnya, Artemisia dibesarkan di ruang bawah tanah, hanya ditemani seorang pelayan – yang tidak bisa menyentuhnya. Kehidupan sepinya berakhir ketika seorang remaja bernama Fog dikirim untuk menjadi abdinya. Fog sendiri bukanlah manusia, melainkan homunculus yang diciptakan dengan kekuatan dari Rengoku. Sebagai makhluk ‘asing’, Fog selalu bertanya-tanya untuk apa dirinya lahir. Penciptanya dihukum mati setelah dia terlahir, sehingga Fog kehilangan arti dirinya sendiri, hingga bertemu dengan Artemisia.

Seiring bertambahnya usia Artemisia – yang dipanggil Alto oleh Fog, keduanya menjadi pemburu Alchemist yang menggunakan kekuatannya untuk mengacau. Setiap misi – tak peduli betapa berbahayanya – adalah kegembiraan bagi Alto, karena itulah satu-satunya kesempatan untuk keluar dari bawah tanah, didampingi Fog.